Organizační struktura je určena organizačním řádem a organizačním schématem. Škola je členěna na úsek ředitele, úseky všeobecného a odborného vyučování a úsek ekonomický a provozně technický. Podrobnější členění a popisy práce jednotlivých pozic jsou uvedeny v organizačním řádu SZŠ a VOŠZ Zlín, který je k nahlédnutí v ředitelně.